基础医学实验中心包括解剖、生理、病理、药理、生化、微寄、生物等实验室65个，实验用房建筑面积为25997平方米，仪器设备达5600余台件，总价值1315.5余万元。是沧州地区医疗事故鉴定尸体解剖检验中心。2008年解剖实验室被河北省解剖学会授予“河北省解剖学示范实验室”称号。2010年解剖实验室和病理标本陈列室获批为省属科研机构和大学开放开展科普活动场所。

解剖教研室拥有建筑面积7000平方米的独立实验楼，有实验室29个，拥有丰富的教学标本、模型、组织教学切片及数字化教学资源。其中，解剖学自修室面积约为3000平方米，其内容依据系统和部位编排，每间自修室均由数个单元构成，每个单元包括展柜、展台和展板三部分。展柜内陈列实物标本，标本旁的图解为观察实物提供了方便。展台上摆放模型，不仅提供人体结构三维立体概念，而且学生可以通过手摸实施零距离接触。展板显示了精美新颖的插图，配以简单扼要、提纲挈领的文字，并以“蓝色文框”形式，适当拓展了课外信息。展柜、展台和展板相得益彰、彼此呼应，体现了文字、插图、模型和标本“四位一体”的模式。

病理实验室使用面积为818平方米，实验室12个，拥有丰富的教学标本、模型、组织教学切片及数字化教学资源。病理标本室现有标本1330个，含60余种疾病。病理教学切片6000余张，含86种疾病。临床病理外检资料60000余例，每例均含有病理申请单、病理切片和蜡块，供教学和科研查用。建有数码显微互动实验室3个（128个点位），实现了显微镜图象、语音的互动教学。